除磷剂可与水中的正磷酸盐、聚合磷酸盐和有机磷酸盐反应生成不可溶于水磷酸盐，进而达到去除污水中磷的目的。但是，如果污水里本身就存在一些不可溶的磷，而这些磷元素还被裹挟在污泥和悬浮物中，当遇到污泥老化解体、污泥解絮、污泥膨胀等情况时就会重新散逸到水中，以致于水中的磷超标。
微生物除磷是通过聚磷菌在好氧与厌氧过程中的转换而达到除磷目的的。而微生物在受到外界影响时，新陈代谢也会受到影响，进而导致除磷效果遭受影响，以致于污水中即使添加了除磷剂也会出现磷超标的情况。添加试剂后污水中磷依然超标的原因可能有：
1、pH值：当pH值超过6.5-8的区间时，聚磷菌的吸磷效率会受到影响，特别是pH值过低时，会造成破坏性后果，即使pH值调节回原样，吸磷效率也无法恢复。
2、碳磷比：想要保证聚磷菌的正常新陈代谢，碳磷比需要大于20，否则会影响除磷效果。
3、温度：当温度低于限定温度时，聚磷菌的生长速度会减缓，除磷速度也会随之降低。
4、泥龄：排泥的速度越快，除磷的速度也就越快，但为了保证好氧池泥的正常活性，一般控制在8天左右。
5、硝态氧浓度：为保障聚磷菌的营养充足，厌氧区的硝酸盐浓度需小于2mg/L，尽量控制在1.5mg/L，以免妨碍聚磷菌的释磷效果。
6、溶解氧：除磷剂使用时，一般要求厌氧池的DO不高于0.2mg/L，而好氧池DO不低于2mg/L。
